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Cuando el último pilar cayó, los dos mundos temblaron mientras sus realidades colapsaban... Y al volver la luz, todo lo que quedaba eran tinieblas. El mundo Digital no ha cambiado, únicamente algo mas invadido por la oscuridad, mas el mundo humano... Sus ciudades son ahora grandes metrópolis futuristas que se alzan hacia el infinito. Extraños líderes políticos y religiosos gobiernan el planeta en su hora más oscura... Una era en la que, curiosamente, nunca habían existido mayor paz y orden.

Mientras tanto la oscura sombra de una fortaleza flotante se pasea por el mundo humano, una organización Gubernamental Mundial conocida como D.A.T.S. dirige los movimientos militares al unísono de todas las zonas, evitando así que la existencia de los Digimons salga a la luz por cualquier medio, aunque estos incluyan asesinar a humanos y Digimons por igual. Y cuando la justicia es oscura ¿Es el delictivo caos la respuesta del bien?